以“冰山”运输成本理论为基础，构建创新资源网络化配置的理论分析框架，并基于2003—2023年长三角、长江中游和成渝城市群的面板数据，运用社会网络分析法和动态门槛模型，实证检验其对综合承载力的影响机制。研究结果表明：一方面，创新资源网络化配置对城市群综合承载力存在非线性门槛效应，高能级城市通过优化网络结构实现综合承载力跃迁，而低能级城市则因网络阻滞面临虹吸风险。另一方面，破除“虹吸-塌陷”结构、提升整体综合承载力的关键在于实施差异化的创新资源网络化配置策略。提升整体效益并非依靠创新资源配置平均化，而是需采取“重点突出、网络协同”的战略，推动创新资源向高能级中心聚集，并同步加强城际联系。