区域国别学已成为交叉学科下设的一级学科，要成为真正独立的学科，区域国别学必须拥有自己的理论与方法体系，这是构建中国特色区域国别研究自主知识体系不可回避的任务。区域国别研究应基于三个层面进行理论创新，即国家层面聚焦现代化理论，地区层面侧重区域治理理论，全球层面深化全球发展倡议、全球安全倡议、全球文明倡议和全球治理倡议理论。区域国别研究应围绕三个导向进行方法应用，即围绕“是什么”导向侧重应用文献研究法、田野调查法，突出研究对象的特殊性以及归纳的逻辑倾向；围绕“为什么”和“怎么办”导向着重应用案例分析法、比较研究法和大数据分析法，突出研究对象的普遍性以及演绎的逻辑倾向。